De Stichting Comenius Museum omschrijft in de staturen haar doelstelling kort samengevat als volgt: het uitdragen van het gedachtengoed van Jan Amos Comenius. Dat betekent in de praktijk het beheren van een kleinschalig historisch museum en van het Mausoleum van Comenius. Het museum is geregistreerd bij Het Nederlands Museumregister. Onlangs is de museumregistratie nog verlengd.

Museum
Sinds 1922 kent Naarden een Comenius Museum, dat in 1992 opnieuw is ingericht in een speciaal daarvoor gerestaureerd gedeelte van een klooster uit de 15e eeuw. Op de begane grond is een permanente expositie over leven en werk van de Tsjechische geleerde. De verdieping biedt ruimte aan wisselende tentoonstellingen en een semi-permanente expositie over Comenius en Naarden. De zolder is ingericht als bibliotheek en documentatiecentrum, en dient tevens als ruimte voor vergaderingen en educatieve doeleinden. De bibliotheek bevat onder meer een aantal oude drukken van Comenius' werken en is op afspraak voor studiedoeleinden te bezoeken. In een speciaal depot wordt de collectie De Geer bewaard, voornamelijk bestaande uit portretten van de familie die in de 17e eeuw optrad als beschermheren van de vluchteling Comenius.

Mausoleum
Comenius werd in 1670 begraven in de toenmalige Waalse Kerk. Nadat die in 1819 werd opgeheven kreeg het gebouw andere bestemmingen en werden de graven met een nieuwe vloer bedekt en vergeten. Pas in de jaren twintig van de vorige eeuw, nadat de onafhankelijke Tsjechoslowaakse Republiek was gegrondvest, werd er - met succes - gezocht naar de laatste rustplaats van de grote Tsjech. Het vervallen gebouw werd gerestaureerd en door Tsjechische kunstenaars onder leiding van een Tsjechische architect ingericht als Mausoleum. Het werd in 1937 officieel geopend en onderging zeventig jaar later, in de zomer van 2007, een grondige onderhouds- en restauratiebehandeling. Sinds het museum is gevestigd in het naastliggende pand is het Mausoleum goed toegankelijk geworden. Vooral Tjsechen en Slowaken maken daar veel en dankbaar gebruik van.

Financiering
De Tsjechische regering verzorgt via het budget van het Comenius Museum in Uherský Brod de basisfinanciering van de kosten gemoeid met het dagelijks beheer van het mausoleum en de bedrijfsvoering van het museum. Het mausoleum wordt onderhouden door de Rijksgebouwendienst, terwijl het gebouw van het museum om niet ter beschikking wordt gesteld door de Gemeente Naarden. Eén en ander is geregeld in een op 1 december 2004 getekende samenwerkingsovereenkomst tussen het Comenius Museum te Uherský Brod (onder supervisie van het Tsjechische Ministerie van Cultuur), de Stichting Comenius Museum en de Gemeente Naarden. Extra inkomsten worden gevonden in verhuur van ruimten voor vergaderingen, workshops, lezingen en dergelijke.