De Stichting Comenius Museum kent een algemeen bestuur (AB), waaruit een dagelijks bestuur (DB) is gevormd, dat de leiding heeft over de gang van zaken van museum en Mausoleum. Voor de uitvoering van het beleid doet het bestuur een beroep op een veelzijdige groep vrijwilligers. Het bestuur wordt bijgestaan door een Raad van Advies.
Gekozen is voor samenwerking met andere musea en instellingen, zoals het Nationaal Onderwijsmuseum in Rotterdam. Zo is er op lokaal niveau onder meer een goede samenwerking met de Gemeente Naarden, met het Nederlands Vestingmuseum en met organisatoren van het Historich Café en van soirees: kleine concerten in het Mausoleum.
Uiteraard onderhoudt de Stichting goede contacten met de Tsjechische en de Slowaakse Ambassades, met de Nederlandse Ambassade in Praag, met de Vereniging Vrienden Nederland-Tsjechië en Slowakije (VNTS), met de provincie Noord-Holland en met de lokale Stichting Naarden-Uherský Brod, die stevige banden heeft met Naardens zusterstad in de de Tsjechische Repbuliek.

Cultural Governance
Het Ministerie van OCW wil good governance in de culturele sector sterk bevorderen en heeft daarom de Code Cultural Governance laten opstellen. De organisatie van het Comenius Museum is overeenkomstig het bestuurlijk model 3 van deze code, dat wil zeggen dat het gehele bestuurlijke proces in handen is van het bestuur. Het bestuur wordt daarbij ondersteund door vrijwilligers - dat kunnen werknemers en/of contractanten zijn - vooral in de uitvoering van het beleid. Deze bestuursvorm past bij kleine organisaties, waar het bestuur veel zelf doet. Formaliteiten worden dan tot een minimum beperkt: men werkt veel meer als een vriendenclub. 
Overeenkomstig die code heeft het museum onder meer
-  goedgekeurde statuten met omschreven doelstellingen,
-  een heldere bestuursconstructie van AB en DB met duidelijke taakverdeling en verantwoordelijkheden,
-  een regeling voor de duur van het lidmaatschap van het bestuur en een schema van aftreden,
-  een ordelijk systeem van bestuursvergaderingen en besluitvorming, met verslag dat ter goedkeuring wordt ondertekend,
-  een jaarverslag, zowel inhoudelijk als financieel, dat ter beoordeling wordt voorgelegd aan de subsidiegever, de Tsjechische      staat,
-  een actueel beleidsplan met een museumregistratie.

Bestuur
De leden van het Algemeen Bestuur worden benoemd voor een periode van vijf jaar. De opvolging is geregeld via een rooster van aftreden. Het Algemeen Bestuur en het Dagelijks Bestuur, dat uit hun midden is benoemd, is als volgt samengesteld (tussen haakjes is het lidmaatschap van het dagelijks bestuur met DB aangeduid en het jaar van aftreden vermeld):
De heer H. van Oostveen, voorzitter (DB) (2014)
Mevrouw H. Verhoef, secretaris (DB) (2014)
De heer H. Rörik, penningmeester (DB) (2011)
De heer V. Hobrlant (DB) (2014)
De heer H. Versnel (AB) (2014)
De heer O. Uttendorfský (AB) (2014)
De heer P. de Wit (AB) (2010)
Mevrouw V. Smelt (AB) (2012)
De heer J. Hoekema (AB) (2012)

Raad van Advies
De leden van de Raad van Advies worden benoemd voor een periode van twee jaar. Hun taken en bevoegdheden zijn omschreven en vastgesteld in het Algemeen Bestuur. De Raad van Advies kan gevraagd en ongevraagd advies uitbrengen aan het Dagelijks Bestuur over zaken betreffende het te voeren museale beleid. Leden van de Raad van Advies zijn:
Mevrouw M. Arkesteijn, oud-wethouder Naarden, voorzitter
De heer L. Groenendijk, emer. hoogleraar historische pedagogiek VU Amsterdam
De heer P. Leupen, emer. hoogleraar middeleeuwse geschiedenis UvA
De heer K. Mercks, gastonderzoeker Tsjechische en Slavische letterkunde aan de UvA
De heer B. Naarden,  hoogleraar slavistiek en hoofd van het Oost Europa instituut aan de UvA 
De heer A. Overdiep, directeur eigenaar OPR/Advies, Industriële en technologie communicatie en beleids advies
Mevrouw E. Ruijsendaal, bijzonder titularis BeNeLux - Universitair Centrum
De heer T. van Ruiten, directeur van Het Nationaal Onderwijs Museum te Rotterdam
De heer J. Schouten, emer. hoogleraar onderwijskunde VU

Directeur
Het Comenius Museum heeft een directeur, de heer H. van der Linde.

Medewerkers
Het kantoor wordt bemenst door mevrouw M. Krutzen.

Vrijwilligers
De groep vrijwilligers, ca. 30 personen, neemt technische, administratieve en huishoudelijke werkzaamheden op zich of functioneert als receptionist.